GİRİŞ
Derinkuyu ve Kaymaklı gibi tipik bir yeraltı şehrinde giriş, yüzeyden, dikkatlice ve ustaca gizlenmiş, 5.00 m. aşağıdaki bölüme geçisin sağlandığı bir birimdir. Yer altı şehirlerinin pek çoğunun özgün girişleri bugüne kadar korunamamıştır. Derinkuyu yeraltı şehrine, günümüzde yeraltı şehrinin çıkısı olarak kullanılan, koridor seklindeki bir girişle girilmektedir.

I.KAT
Derinkuyu yeraltı şehrinin birinci katında ahır, şaraphane, misyoner okulu ve vaftizhane bulunmaktadır. Birinci kat girişin de bulunduğu en üst kat olup, genel bir tarihlemeyle Protohitit dönemine kadar (M.ö.2000–1750) indirilmektedir.

II. KAT
Derinkuyu yeraltı şehrinin ikinci katının gezilebilen bölümlerinde, oturma odası olarak kullanılan mekânlar, günümüzde yeraltı şehrinin girişi olarak kullanılan bölüm, mutfak, mutfakla alakalı birimler, şaraphane, erzak depoları ve mutfağın devamında ahır olarak kullanıldığı belirtilen bir bölüm bulunmaktadır.

III. KAT
Derinkuyu yeraltı şehrinin üçüncü katını yeraltı şehrinin tüm katlarına inen bir havalandırma bacası oluşturmaktadır. Ayrıca üçüncü katta bulunan bir tünelin 9 km. uzakta bulunan Kaymaklı yeraltı şehrine bağlandığı belirtilmektedir.

IV. KAT
Yeraltı şehrinin dördüncü katında oturma-yatma odaları ve erzak depoları bulunmaktadır

V. KAT
Yeraltı şehrinin dağılım merkezi olarak düşünülen besinci katta, üçüncü kattan gelen tünelin sonlandığı sahanlık, havalandırma bacası, havalandırma bacasının devamında birbiriyle bağlantı odalar ve besinci katı yedinci kata bağlayan tünelin başlangıcı bulunmaktadır.

VI. KAT
Altıncı kat, besinci katı yedinci kata bağlayan bir tünelden ibarettir. Tünel üzerinde ikisi kapı odası, üçü ise tünel kontrolünün yapıldığı birer güvenlik noktası olduğunu düşündüğümüz beş birim bulunmaktadır.

VII. KAT
Yedinci katta toplantı salonu, mezar odası, kilise, kilisenin devamında bir salon ve su kuyusu bulunmaktadır. Yedinci kat yeraltı şehrinin en geniş mekânıdır. Beşinci kattan başlayan tünelin bittiği yerde yedinci kat şekillendirilmiştir. Tünelin bittiği yerden itibaren dört merdiven basamağıyla yedinci kata inilmektedir. Yedinci katın merkezinde toplantı salonu bulunmaktadır.

VIII. KAT
Derinkuyu yeraltı şehrinin sekizinci katı, içerisinde bir havalandırma bacası olan, küçük bir odacıktan ibarettir.