Mevlânâ Lûtfi Hazretleri bu olayı anlattıktan sonra ağlayarak şöyle buyurmuş, “Hakikat‐i hal salât budur. Yoksa bizim kılduğımız amel kuru kıyam
ve inhinadır. Anda fâyide yoktur”
(İşte asıl namaz budur; yoksa bizim kıldığımız kuru kalkıp eğilmedir, onda faide yoktur)
Mevlânâ Lûtfi Hazretleri'nin beyan buyurduğu bu mukaddes derste hazır olan ve hocalarına kin besleyen bir kısım talebe, bu sözünü “vâkı'‐ı hâle muhalif nakl” deyip bu sözü fırsat bildiler. Arap Molla, Hatipzade, bunu bir iftira şekline soktular. Zamanın vezirlerinden İskender Paşa'nın gönlü de Molla Lûtfi'ye kırık olmasından dolayı, “Molla Lûtfi dâll ve mudilidir, vücudu din‐i mübini muhilldir” diye padişaha teftiş olunmasını arz eder. Padişah kendisine bu uydurma iftira anlatılınca bozulup 'bu, uydurulmuş bir iftiradan başka bir şey değildir deyip 'hayır, bu haber doğru değildir; bu sözün ve bu konunun doğru olması ihtimalden uzaktır. Bu husus görülsün' deye ferman etmiştir.
Neticede âlimlerin en bilginlerinden Hatipzade, Efdalüddin, Mevlâna Ahaveyn ve başka ileri gelenlerden meclis kurdular. Molla Lûtfi'nin dersinde hazır bulunan ders arkadaşları, Molla Lûtfi'yi teftişe geldiklerinde ve o mahut mecliste 'namaz dedikleri kuru kalkıp eğilmedir, ona itibar yoktur' dedi diye, Molla Lûtfi'nin sözünü gerçeğe aykırı olarak anlattılar. Meclis kurulup da Molla Lûtfi'yi getirdiklerinde kendisine dediler ki: “Sen Allah'ın bu kadar lutfuna mazhar olmuş bir kişisin. İçin faziletlerle dopdolu bir bilgi hazinesi olduğun halde, hidayet yolundan çıkıp dalalet yoluna yönelmişsin.”
Molla Lûtfi de, “hâzihi firye‐i bilâ mirye” deyip şöyle dedi:
“Benim Allah Teâlâ tarafından gelen imanım ve doğruluğum, Allah Teâlâ'nın bunda yazılı olan emirler ve nehiyler hakkında imanım muhakkaktır. Ben esasta İslam dinindenim, yedi kat gökler gibi hiçbir bozuk yanım yoktur ve benim güzel itikadımın güneşi, zeval bulmaktan
yücedir. Benim dindarlığımın tadı ilhad zehriyle acılanmamıştır; benim itikadımın şükrü zeval bulmaktan uzaktır. Benim için bu hususta söylenenler yalan ve boş laftır. Hâşâ bende küfür ve ilhad olsun, bu küfrü kâfirlerden başka işleyenler yoktur” diye sözünü bitirdi.
Bu mecliste iki yüz kadar kimse vardı. Her biri bir madde nakl edüp, “Hakikaten o Hak ile batılı ayırt eden kâfi bir sözdür; o, bir şaka değildir” diye gerçekmiş gibi Molla'nın ilhadına şehadet eylediler. Molla Lûtfi, o şahitlerin yalanları meydanda olan şehadetlerine karşı “onların, bu söyledikleri hakkında hiçbir bilgileri yoktur” diye yalan şehadetlerini ileri sürdüyse de orada bulunan ve onu mahkûm etmek üzere toplanmış olan ulema(!), “Bu şahitlerin şehadetleri şeriatça makbul ve bizim yanımızda geçerlidir” deyip gereğini yapıp imzaladılar... Bu ulema takımından Hatipzade, Mevlâna İzâri, hiç duraklamadan katline karar verip kanının dökülmesinin mubah olduğuna hükmettiler.
Lakin Mevlâna Efdalüddin, Mevlâna Ahaveyn tereddüt edip çekinmeden idam edilmesine ve öldürülmesine hükmetmeye cüret etmeyerek haksız öldürülmesinden çekindiler. Sonra Ahaveyn de birincilere katıldı. Bu husus padişaha arz olundukta, türlü araştırmalardan sonra, ulemanın ittifakıyla hükmün yerine getirilmesine ruhsat verilmiştir. İskender Paşa kol oldu Molla Lütfi’yi ondokuz gün hapsetti. Kendisine gücenmiş olan bilginlerden Çömlekçizade Kemal Çelebi ve arkadaşları başka şeyleri arz edüp bazı hususlara dahi şehadet ederler. Sultan Bayezit da katline bir şey diyemerek rıza gösterir.
Molla Lütfi, 1494 rebiyülahırının yirmi beşinci salı günü şehid edilip Ebu Eyyüb‐Ensâri radiyallâhü anh çevresinde ve defterdar merhum Mahmut Çelebi'nin mescidi yakınında defn edildi.
Molla Lûtfi, öldürüleceği yere giderken yolun iki tarafında duran Müslümanlar onun tekrar tekrar kelime‐i şehadet getirerek Müslümanlığını ve imanını doğrulamıştır. Hatta rivayet olunur ki öldürülüp de can verirken mübarek başı toprağa düşünce temiz dilinden Allah Teâlâ'nın birliğine şehadet getirmiştir.